Rosilha: É outra pelagem dominante, não sendo epistática somente para as pelagens Tordilha e Branca. Da mesma forma que na pelagem Branca, em condição de homozigose ( RR ) o alelo da pelagem Rosilha torna-se letal para o embrião. Assim, somente são gerados indivíduos heterozigotos ( Rr ), com a seguinte probabilidade:
 

Tordilha: É dominante sobre outras pelagens, sendo que o indivíduo homozigoto ( GG ) produz somente descendentes de pelagem Tordilha. Já o indivíduo heterozigoto ( Gg ) produz uma prole com a seguinte proporção: 75% pelagem Tordilha e 25% outra pelagem. Uma regra básica envolvendo essa pelagem é que para nascer tordilho,  todo animal deve ter, pelo menos, um dos genitores apresentando essa mesma pelagem, à exceção dos raros casos (1% de probabilidade) da ocorrência de mutações.

       O gene da pelagem Tordilha evita que os pigmentos entrem no bulbo capilar, sendo retidos no organismo. Em cavalos Tordilhos acima dos 15 anos de idade, são de incidência relativa os tumores de pele (melanomas), como resultado do acúmulo de pigmentos no organismo. Por essa razão, algumas autoridades referem-se à pelagem Tordilha como sendo uma doença. Em um estudo com a raça Puro Sangue Inglês foi constatado que os indivíduos de pelagem Tordilha viveram, em média, dois anos a menos do que seus irmãos de outra pelagem.

NOTA: Como foi visto os genes das pelagens Tordilha e Rosilha são epistáticos em relação àqueles que controlam a grande maioria das demais pelagens, sendo considerados indesejaveis em algumas raças, particularmente as de pelagens Conjugadas (Pampa e Appaloosa).

Alazã: É uma pelagem recessiva, sendo identificada pelo genótipo homozigoto (ee). O alelo e minúsculo é um mutante, sendo derivado do alelo E maiúsculo dos cavalos selvagens originais, portadores de pelagens de tonalidades negras. Dos acasalamentos entre dois indivíduos de pelagem Alazã sempre serão gerados  produtos com essa mesma pelagem. Essa é uma das regras da genética que controla a pelagem Alazã. Uma outra é o resultado do acasalamento entre um animal Alazão e outro Albino.
O resultado será sempre um animal Palomino: CC (Alazão) X ccr ccr (Albino) =  Cccr (Palomino)    
Já o acasalamento entre dois indivíduos Palominos tem a seguinte probabilidade de ocorrência de pelagens:
 

NOTA: O alelo C é necessário para a expressão dos pigmentos das cores. Já o alelo c resulta na ausência total de pigmentos em várias espécies. Mas nos equinos é o alelo ccr (uma mutação de C), que provoca a diluição dos pigmentos vermelhos, mas não afeta os pigmentos pretos.

Baia: As variedades dessa pelagem são determinadas pelas presenças dos alelos ccr e at . No caso das Baias de tonalidades claras e a Cáqui é o alelo ccr atuando sobre a pelagem Castanha (efeito diluidor). No caso da Alazã Sobre Baia é o mesmo alelo ccr diluindo a pelagem Alazã. A lista de burro e as zebruras são determinadas pelo alelo at, presente no locus A da pelagem Castanha.

Quando o alelo ccr manifesta-se na forma homozigota, seu efeito sobre a pelagem Castanha é em dobro, diluindo-a para uma tonalidade quase branca, que é a Baia Palha. Não são recomendados os acasalamentos entre indivíduos de pelagem Baia Palha ou outras de tonalidades também claras, devido à elevada probabilidade de nascimento de indivíduos Albinos ( quando o genótico é  homozigoto recessivo - ccr ccr).  

Amarilha: É outra pelagem diluída. Sua ocorrência é provocada pelos efeitos dos genótipos homozigoto (DD) e heterozigoto (Dd) que atuam diluíndo  a pelagem Alazã. Na literatura internacional é considerada uma pelagem independente, denominada de Isabella. Na literatura brasileira é tratada como sendo uma variedade da pelagem Alazã, o que procede.

Pêlo de Rato: Também resulta do efeito diluidor dos genótipos DD e Dd, porém atuando sobre a pelagem preta. Aqui existe um erro grave de nomenclatura na literatura brasileira, que denomina de Baia escura ( Baia Nuvem ou Baia Chumbo), às vezes também confundida com a Lobuna, uma pelagem que tem o mesmo mecanismo genético da Pêlo de Rato. Essa denominação é usada para jumentos da raça Pêga.

NOTA: A complexidade da genética das Pelagens Diluídas aumenta quando há a combinação dos alelos D e ccr . Por exemplo, atuando sobre um genótipo de pelagem Alazã o resultado será um indivíduo Palomino de tonalidade mais clara. Já sobre os genótipos de pelagem Castanha, diversas tonalidades claras de pelagem Baia clara serão geradas.

Pampa: Para a pelagem Pampa tradicional (Tobiano), o mecanismo genético é similar àquele descrito anteriormente para a pelagem Tordilha. Já no caso das variedades conhecidas como "Overo", representado no Brasil pelo Chita e o Rosado, que foram denominações criadas pela Associação Brasileira do Cavalo Pampa,  o mecanismo genético é do tipo recessivo ( representado pelos alelos  oo). Já a letra maiúscula O é utilizada para representar o animal de pelagem sólida. É possível que dois pais de pelagem sólida gerem produtos Chita ou Rosado, desde que sejam portadores do alelo para essas pelagens.

       O número e o tamanho das manchas brancas são afetados pela ação de genes modificadores. Quanto maior o número de genes modificadores, maior será o número e a extensão das manchas brancas. Esse fenômeno caracteriza uma ação gênica aditiva.

       É possível que um cavalo seja  portador dos alelos determinantes da pelagem Pampa, mas seja de pelagem sólida, devido à ausência de genes modificadores. Também é possível que um cavalo seja portador de genes modificadores, mas não tenha os alelos determinantes da pelagem Pampa e, portanto, sua pelagem será sólida.

Appaloosa: A presença dessa pelagem depende do gene dominante Ap. Os animais poderão ser tanto homozigotos ApAp como heterozigotos Apap, possuindo ainda um certo numero de genes modificadores que produzem as manchas e as mantas. Um cavalo com o gene Ap poderá ser de pelagem básica caso não tenha em seu genótipo os genes modificadores determinantes da pelagem Appaloosa. Já um animal de pelagem sólida, sem o gene Ap, pode possuir muitos genes modificadores da pelagem Appaloosa em seu genótipo.

       Um outro fato é que o genes responsáveis pela pelagem Appaloosa podem ser sexualmente influenciados. De fato, nos machos Appaloosas as combinações de cores são mais variadas em relação às fêmeas.

       As mantas brancas ao longo da região dorso-lombar e da garupa são determinadas pelo alelo recessivo wb. Uma ação aditiva (wb1wb1, wb2wb2, por exemplo) controla o tamanho das mantas.

       As manchas arredondadas são determinadas pelo alelo recessivo sp, que também exerce uma ação aditiva (quanto mais alelos presentes, maior o numero de manchas). As manchas ocorrem porque o alelo sp afeta a ação dos alelos wb, permitindo que os pigmentos sejam formados em algumas áreas da manta branca.

       Outro fator genético presente nesta pelagem é um gene ligado à pelagem Rosilha -Rnap, provavelmente um mutante. Seu efeito é produzir um contorno "rosilhado" ao redor das manchas escuras sobre o manto branco.