As fêmeas devem ser manejadas de acordo com o status reprodutivo - éguas vazias, éguas gestantes, éguas lactantes.

As potras entram em serviço reprodutivo por volta dos 30 meses de idade. Juntamente com as éguas vazias, devem ser rufiadas em dias alternados, para a identificação do cio. As cobrições devem ser realizadas em dias alternados, pois as células espermáticas sobrevivem até 48 h. Caso o óvulo não tenha sido fecundado, o cio retornará dentro de, aproximadamente, 16 dias. Caso contrário, o diagnóstico da prenhez poderá ser efetuado a partir do vigésimo dia, através da apalpação retal ou do uso do ultra-som. As reabsorções embrionárias são de incidência comum na espécie equina, ocorrendo na ordem de 25%. Portanto, a prenhez deve ser reconfirmada em torno do segundo mês.

As éguas gestantes devem ser mantidas em pastagens de boa qualidade e suplementadas com ração rica em proteína a partir do terço final da gestação. No ultimo mês, devem ser alojadas em piquetes maternidade. A maioria dos partos ocorrem à noite sendo que a incidência de partos distórcicos é de apenas 1% na espécie equina.

Nas éguas lactantes, o primeiro cio pós - parto, chamado de cio do potro, ocorre a partir do sétimo dia, podendo ser aproveitado nos casos de parto normal e de condição física adequada da égua. Mas não são raros os casos de cio silenciosos nesta categoria de éguas.

Os garanhões podem efetuar um salto por dia, sendo que de apenas uma coleta de sêmen, de 6 a 8 éguas podem ser inseminadas em um mesmo dia. A monta correta é pelo lado esquerdo da égua, devendo ser permitido ao garanhão o cortejo natural da espécie - cheirar focinho, pescoço, corpo, genitália. Entretanto, o sexo é naturalmente violento na espécie, sendo necessária uma contenção eficiente do garanhão, quase sempre através do argolão ou de cabresto com corrente na boca ou sobre o chanfro. O salto deve ser permitido somente quando o pênis estiver erecto. Para um melhor desempenho reprodutivo, a dieta dos garanhões deve ser fortalecida a partir de 30 dias do inicio da estação de monta, a qual ocorre de setembro a Abril, marcadamente nas regiões sul e sudeste.

Através de métodos reprodutivos modernos, tais como a inseminação artificial e a transferência de embriões, a eficiência reprodutiva de éguas e garanhões poderá ser substancialmente melhorada.